Insectos:
- Gusano de la cebolla (Delia antiqua)
- Trips (Thrips tabaci)
- Mosca de la cebolla (Eumerus spp.)
- Gusanos cortadores (Agrotis spp.)
- Pulgones (Aphis spp.)
Hongos:
- Podredumbre blanca (Sclerotium cepivorum)
- Mildiú velloso (Peronospora destructor)
- Raíz rosada (Phoma terrestris)
- Podredumbre basal por Fusarium (Fusarium oxysporum f. sp. cepae)
Virus:
- Virus del enanismo amarillo de la cebolla (OYDV)
- Virus de la mancha amarilla del iris (IYSV)
- Virus del mosaico de la cebolla (OMV)
- Virus del cascabel del tabaco (TRV)
Otras plagas:
- Nematodos (Ditylenchus dipsaci)
- Ácaros del bulbo (Rhizoglyphus spp.)
- Roedores (como campañoles y ratones)
Vale la pena señalar que la gravedad y el impacto de estas plagas pueden variar según la región y el clima específicos, así como las prácticas de cultivo utilizadas.